Die Bergedorfer Impuls Stiftung wird vom Stiftungsrat und dem Stiftungsvorstand geführt. Im ehrenamtlichen Stiftungsrat sind Persönlichkeiten aus Wohlfahrtspflege, Wirtschaft und Bildung vertreten. Auch die Mitarbeiter der  beiden GmbHs wählen einen Mandatsträger. Der Stiftungsrat bestimmt die strategische Ausrichtung der Stiftung und übt die Aufsicht über die Gesellschaften und den Vorstand aus.
Der hauptamtliche Vorstand koordiniert das Zusammenwirken von Stiftung, Tochter-Gesellschaften und Aufsichtsrat. Er führt die Stiftung und vertritt diese nach Außen.
Der Aufsichtsrat übt die Aufsicht über die Gesellschaften aus, begleitet die Geschäftsführungen und berät den Stiftungsrat.
Die hauptamtlichen Vorstandsmitglieder werden vom Stiftungsrat berufen. Der Vorstand setzt sich in der Regel aus den Geschäftsführungen der GmbHs und einem weiteren Mitglied zusammen, dass die Sprecher-Funktion ausübt. Der Vorstand ist in der Hauptsache operativ tätig, er koordiniert die Geschäfte der Gesellschaften, verwaltet die Stiftung und vertritt diese nach Außen.
Die Geschäftsführer/innen der GmbHs steuern und verantworten die Geschäfte der Betriebe und damit die wesentlichen Instrumente zur Erfüllung des Stiftungszwecks.